電気泳動（Electrophoresis ）

個体別のDNAマーカーを検出するため、サザン・ブロッティング法において用いられる技法の事をいいます。 制限酵素により様々な大きさに切断されたDNA断片をゲルの片側に置き、一方を陽極（＋）、片方を陰極（‐）にしておくと、マイナスに帯電しているDNAは陽極に向かって移動を開始します。
この時、大きいDNA断片はゲルの網状組織に阻まれ、小さいDNA断片よりも移動速度が遅くなります。反対に、小さいDNAは移動の先端になるので、一定時間後、DNA断片は大きさ（分子量）ごとに分画分離されていきます。
ただし、電気泳動をしただけではDNAの分布は肉眼で見えないので、ゲルをナイロン紙のフィルターで写し取り、アルカリ溶液に漬けて２本鎖を１本鎖に分離しておきます。
このフィルターに蛍光色素や放射性同位元素を入れたプローブ（特定の大きさを持ったＤＮＡ断片）の溶液に漬けると、相補性によりプローブと結合したDNA断片が発色、もしくはＸ線感光紙に写し取られてバンド・パターンを生じます。